PCR扩增检验实验室原则上分为三个单独的工作区域：试剂贮存和准备区、标本制备区、扩增和扩增产物分析区。为避免交叉污染，进入各个工作区域必须严格遵循单一方向进行，即只能从试剂贮存和准备区→标本制备区→扩增和扩增产物分析区。各实验区之间的试剂及样品传递应通过传递窗进行。

PCR实验室并没有严格的净化等级要求，但是为避免各个实验区域间交叉污染的可能性，宜采用全送全排的气流组织形式。也考虑到实验人员的人体舒适性，环境温湿度的设计参数控制在表1所示的范围内。同时，要严格控制送、排风的比例以保证各实验区的压力要求。

工作区域的严格划分：各个实验区域设置合理；各个实验区域要有明显的标记（如醒目的门牌或不同的地面颜色等），以避免各个不同实验区域设备物品、试剂等发生混淆。

合理的系统设置：合理的空调通风系统设置，尽量采用全送全排的空调系统；严格的气流压力控制，保证不同的实验区内不同的压力要求。

规范的操作：扩增检验实验室的技术人员必须进行上岗培训，经培训合格后才能从事临床基因扩增检验的工作；在实验操作过程中，操作者必须戴手套，并经常更换。此外，操作中使用一次性帽子也是一个有效地防止污染的措施；清洁工作及时、正确。实验工作结束后，必须立即对本区进行清洁。除常规的消毒液体对表面进行擦拭消毒或紫外线灯的照射消毒外，对一些实验设备还应进行高压消毒处理。

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